Perusopetus tarjoaa oppilaille mahdollisuuden laajan yleissivistyksen perustan muodostamiseen ja oppivelvollisuuden suorittamiseen. Se antaa valmiudet ja kelpoisuuden toisen asteen opintoihin.

Loimaan kaupungissa on kuusi alaluokkien koulua, yksi yläkoulua ja yksi yhtenäiskoulu. Yleisopetuksen lisäksi ovat tarjolla monipuoliset erityisopetuspalvelut. Kaupunki järjestää myös seutukunnallisesti erityisopetusta.