Kaupungin luottamushenkilöorganisaation muodostavat valtuusto, tarkastuslautakunta, kaupunginhallitus ja lautakunnatt. Kaupunginhallituksen esittelijänä toimii kaupunginjohtaja.

Päävastuualueilla toimivat seuraavat lautakunnat: elinympäristölautakunta, hyvinvointilautakunta ja sivistyslautakunta.

Kunnan hallintoa, taloudenhoitoa ja muuta toimintaa johtaa kaupunginjohtaja kaupunginhallituksen alaisuudessa. Palvelualueet vastaavat palveluiden järjestämisestä ja tuottamisesta toimialallaan. Palvelualuejohtajat ovat toiminnassaan suoraan vastuussa kaupunginjohtajalle.

Keskushallinnon tehtävänä on kaupunginhallituksen ja valtuuston, samoin kuin eräiden muiden toimielinten, toimialaan kuuluvien asioiden valmistelu ja täytäntöönpano. Lisäksi keskushallinto vastaa kaupungin yleisestä tiedottamisesta sekä yleisten vaalien toteuttamisesta. Keskushallinto vastaa kunnan asiakirjahallinnasta asioiden vireilletulosta arkistointiin.

Loimaan kaupungin johtoryhmä

Loimaan kaupungin johtoryhmä vasemmalta oikealle: Kimmo Virta, Manne Pärkö, Jari Rantala, Anniina Laajalehto, Paavo Laaksonen, Sari Laine, Juha Rinta-Jouppi, Antti Korte. Kuvasta puuttuvat Sari Koistinen ja Timo Hokkanen.