Loimaan seurakunnan alkuvaiheet perustuvat kirjallisiin lähteisiin vuodelta 1439. Emäseurakunnasta on 570 vuodessa alueita itsenäistynyt ja palannut jälleen yhdeksi. Nykyajan Loimaan seurakuntaan (vuodesta 2005) kuuluvat entiset Kanta-Loimaa Metsämaan kappeliseurakuntineen ja Loimaan Kaupunkiseurakunta. Tähän yhdistelmään liittyivät v. 2009 alusta kappeliseurakunniksi Alastaro ja Mellilä. Jäsenmäärä on noin 16.000.